This document explains the arrangements for the coursework. You will create an application that analyses a dataset to determine how a vampire infiltration spreads based on testing and contact tracing data. This document is fairly lengthy; do not be deterred by this. The coursework has been carefully designed so that you can complete it part by part and know that you have the correct functionality at each point. Each part is described in its own section.

Strong suggestion: start your coursework as early as possible to give yourself time to resolve issues you encounter.

Deadline

5 January 2024 at 16:00 (4pm – UK time).

How to submit your work

Submit your  contact.py file at the assignment link on Moodle. Do not submit any other files. Do not upload a folder containing your files because this can cause compatibility issues for the marking team. You must ensure that your program works properly on your own computer before you submit the code.

Important: make sure your student number (not your name) is included in the comments at the top of your program.

Testing

You are responsible for testing your program carefully. Make sure that you have thought about all the things that can go wrong and test your program to ensure that you know it works correctly in all circumstances.

However, as an aid, we have developed a web-based testing service. We strongly encourage you to take advantage of this service.  More details can be found in Appendix 1.

Keep in mind: the testing service will attempt to test each part individually.   If you get stuck on one section but can get  something working for a later section, then you may still be able to get  marks for that  later section, even if running it on your own machine (which will use the pre-defined main () function from the template) doesn’t work.

Assessment

You are expected to show that you can code competently using the programming concepts covered so far in the course including (but not limited to): the use of files, strings, lists, dictionaries, sets, conditions, loops, and functions.

Marking criteria will include :

● Correctness – your code must perform as specified.

● You must apply Python concepts appropriately.

● Programming style – see section ‘Appendix 2 Style Guide’ for more detail.

●   Your  assignment  will  be  marked  using  the  rubric  in  Appendix  3.  This  is  the  standard  rubric  used  in  the Department  of Computer  Science.  Marks for your project work will be awarded for the capabilities (i.e. functional requirements) your system achieves, and the quality of the code. Categories 5 and 6 of the rubric will be used for coding assignments.

Plagiarism

Your work will be checked for plagiarism using a world-class plagiarism detection tool, MOSS. MOSS is used in the Department of Computer Science and across UCL more widely. According to UCL policy, plagiarism is defined as the presentation  of  another   person’s  thoughts  or  words  or  artefacts or software as  though  they  were your  own. Plagiarism includes copying work from other students, submitting work completed by students in previous years of the  course, and copying from journal articles,  books and  internet sources without correct  referencing.  Plagiarism seriously undermines the integrity of the College and its graduates and if a deliberate case of plagiarism is suspected in this course it will be treated as cheating under the University of London Proceedings in Respect of Examination Irregularities.   Further   details    of   the    policy    and   proceedings    can   be   found    on   the   College   website    at:

https://www.ucl.ac.uk/academic-manual/chapters/chapter-6-student-casework-framework/section-9-student-acade mic-misconduct-procedure.  It  is  most  important  that  if  you  feel that you  are  not  able to  deal  with the  study requirements in this course or if you are unsure about referencing conventions, then please ask your lecturer for help. Do not feel tempted to risk your personal reputation and progress through your degree program by plagiarising or cheating.

It is also most important to remember that each assessment task is an opportunity for you to learn and to develop skills that will be of great value in professional and other areas of your life. While you may feel under pressure to complete each assessment task you should not waste important learning opportunities by dishonestly fulfilling the assessment requirements, including copying material directly from the internet. If you are having difficulty meeting assessment deadlines and requirements please contact your Tutor to work out how best to maximise your learning, rather than resorting to plagiarism or cheating.

If you are in any way unsure about the rules and interpretations relating to plagiarism, please contact your personal tutor or the module leader for clarification. Plagiarism will not be tolerated in this module.

Avoiding Plagiarism

Here are some tips to avoid plagiarism.

1.    Cite all sources of code that are not your original work. You can put the citation into the comments in your program. For example, if you find and use code from a website :

# The following code is from

# https://www.quackit.com/python/tutorial/python_hello_world.cfm

2.    Citing sources avoids accusations of plagiarism and penalties for academic misconduct. Please note that you may still receive a low grade if you submit code that is not primarily your own. Cited material should never be used to complete assignments.

3.    Collaborative  coding   is  strictly  prohibited.  Your  assignment  submission  must  be  strictly  your  own  code. Discussing anything beyond assignment requirements and ideas is a strictly forbidden form of collaboration. This includes sharing code, discussing code itself, or modelling code after another student’s algorithm. You must not use (even with citation) another student’s code.

4.    You are not permitted to use any artificial intelligence system (e.g., ChatGPT) to help you program your code.

5.    Making your code available, even passively, for others to copy, is also plagiarism.

Before starting your assignment

You are provided with some starter code in the file template.py. Your first action should be to make a copy of this code into a new file,  contact.py, where you will work afterwards. You have also been given a helper file format_list.py; you shouldn’t modify this but will need to have it in the same directory.  You have also been given some text input files containing infiltration data (Data Set0.txt … Data Set5.txt) and associated text output files (Data Set0-out.txt … Data Set5-out.txt).  You should put these in the same directory also.

Before you start writing code, read through this entire document so that you have a sense of what’s coming and can start to think about how different parts are going to work together.  The overall task is more complex than anything you’ve done so far, but it’s also been broken into —forgive me — bite-sized pieces.   In section 22, there is a summary of all of the different functions you have to write, the number of lines in the official solution (just to give yourself a sense of relatively difficulty —your own solution might be quite a bit longer, and that’s ok), and an informal sense of which parts are a bit trickier than others (sometimes short functions can be trickier than long ones).

Keep in mind that the testing service you have access to (see appendix 1) and the way we will do the grading will be function-by-function.  So, even if you can’t get some critical function working correctly, work on other functions.

Goodluck and enjoy!

Running the contact tracing program

There are two ways to run the program from the terminal depending on whether you want to provide the data file name on the command line or whether you want the user to be prompted for the file name. The code in main() contains code to handle this. Important : you should not edit the code in main().

Entering a file name on the command line (suggested)

On Windows, run the program in the terminal, specifying the data file name:

python contact.py DataSet0.txt

or on macOS type:

python3 contact.py DataSet0.txt

The meaning of the terms on this line is :

python or python3	The python interpreter. On macos this will be python3 and on Windows, this will be py or python.
contact.py	The name of the python program.
DataSet0.txt	Name of the data file.

Table 1  Running the program, specifying the file name on the command line

Prompting the user for a file name (possible, but perhaps a bit painful to test)

To prompt the user for a file name, simply run the program in your editor (IDE) as you would normally.

Section 1: Orientation

You have been given several files containing testing and contact tracing data for vampire infiltrations.  This data has a “preamble” (initial  part), followed  by a  list of testing and contact tracing data for a series of days  (“body”).   The format will be explained in detail below.

In order to work with the contact tracing data, you will need to load a data file storing contact tracing data and create appropriate  data  structures  such  as  a  dictionary  or  a   list.  These  data  structures  can   be   used  to  identify  the relationship between the individuals in the data.

Many  of  the  sections   require  you  to   print  out  data  after  you  have  calculated  it,  often  in  separately-specified functions.    Sometimes  functions  will   require  you  to  check  for  some  kinds  of  data  errors,  print  specified  error messages, and then exit by calling s ys.exit().

Important : do not modify the main () function; all of your work should be in the other functions as specified in the various sections.  Do not add code that just runs at the “top level”. All of your code should be inside functions.

Important :  Part  of  our  testing  procedure  is  to  run functions  individually.     Make  sure  that your function  names, parameters, and return values don’t change from our specification.   Moreover,  make  sure  that your functions do what they are supposed to do, rather than e.g., trying to do one big function that does the job of several of our specified functions.

Important : Ensure that your program’s output matches exactly the output given to you unless otherwise specified.

Important : do not import any additional packages; lines 7-9 of the template.py file already imports sys, os.path, and format_list; that’s all you need (and all you are allowed).

Data files

The files (as well as your assignment’s expected output for each file) are posted on moodle with the assignment information. Each file ends with the .txt extension. You can open the files in Visual Studio Code or in a text editor to see the contents.

Preamble

The preamble begins with a (comma-separated) list of individuals (without specifying which are humans and which are vampires).  These are all of the individuals that may appear in the rest of the dataset.  On the next line, the preamble gives the number of days of data that will follow.   For example, a valid preamble would be as follows:

Bella,  Edward,  Jacob,  Carlisle, Alice, Emmett, Charlie, Renee, Jessica,

Angela

4

N.B. Sometimes  spaces  are  included around  names to aid human readability as in the above example; these are optional, but your code will have to remove them if they appear.  The strip() method can help you do this.

Important : names may include a mixture of upper and lowercase letters, as well as some special characters such as dashes.   Names will not include numbers, commas, colons, the newline character (“\n”), tabs (“\t”), or the symbol #. Spaces may appear within a name, e.g. “Kuan Yew”, but not at its beginning or end, e.g. no “ Kuan Yew ”.

Day

Unlike in some of the legends, our vampires are able to move around during the day, rather than sleeping in coffins. (Some of them do sleep in coffins at night, but that’s not important for this exercise.)  We divide each of our days into two parts (AM, when testing occurs; and PM, when contact occurs).  Each day has the following format.  On the first line is a comma-separated list of people who have been given a vampirism test in the morning (AM) of that day (perhaps a brief exposure to sunlight); the result of the test (“V” for vampire or “ H” for human) is given after each name, separated by a colon.  If no one is given a test on a given day, this line will be the special string ##.

On the second line is a number of groups of people who had interactions in the afternoon (PM) of that day.  On the third and following lines are comma-separated lists of individuals who have been in contact.  To keep things simple :

1.    Each individual can be in at most one contact group on a given day.

2.    On the other hand, there’s no need for an individual to meet with anyone on a given day; in that case, their name won’t appear in any contact list for that day.  When vampires are in the neighbourhood, staying home alone can be the safest option!

3.    All people in a group meet simultaneously (perhaps to play a game of baseball).

Here’s an example of a valid day:

Edward : V, Bella : H, Jacob : H, Jessica : H

3

Bella, Edward

Charlie, Jacob

Alice, Renee

N.B. Again, spaces can appear to aid human readability; in this case you’ ll have to remove them.

To complete the demonstration of the input, here are the remaining three days promised in the preamble above:

Bella : H, Jacob:H, Alice :V, Charlie: H

2

Bella, Edward, Charlie

Angela, Jessica

Emmett : V, Renee : H, Jessica : V

0

Bella : V, Charlie: H

2

Bella, Edward, Charlie, Jessica, Angela

Jacob, Renee

Notice that on the third day everyone stayed home (0 contract groups).   None of the days had zero tests (which we would have indicated with ##).

Note : the above file is in fact one of the input testing files we give (Data Set1.txt).

Section 2: Check the file exists (1 mark)

Take a look at the following code in main():

The python code sys.exit() will cause the program to terminate if the file cannot be opened and read. Important : do not change the code in main().

The function file_exists() takes the file name given as a parameter, and checks that the file exists. Your first task is  to  complete the function file_exists(). The function file_exists()must  return True if the file exists and False if it does not. Hint: use the function isfile() from the python library os.path.

Section 3: Create a structure to hold the input data (6 marks for correctly storing the data + 1 mark for correctly printing the error message when needed)

Complete the function  parse_file(). This function takes a file name as a parameter, reads the file line by line and creates a data structure to represent the input.  The structure has the following format: at the “top” it is a pair.  The  first element of the pair is a list of names (the participants) in the order given in the file.  The second element of the  pair is a list of pairs; each list cell will correspond to a given day.

Within each list-pair, the first element should be a dictionary whose keys are the names of those tested for vampirism and whose values are the Booleans True (that is, a vampire, indicated by “V” in the input file) or False (that is, a

human).  The second element of a list-pair is a list of lists, with each “outer” list-element being an “inner” list of those groups who were in contact on that day.  After you finish processing the file, make sure to close it, and then return

the structure you’ve created.  Here’s the structure we’d expect for the sample file given above, as printed by Python:

([ 'Bella ', 'Edward ', 'Jacob ', 'Carlisle ', 'Alice ', 'Emmett ', 'Charlie ',

'Renee ', 'Jessica ', 'Angela '], [({ 'Edward ': True, 'Bella ': False, 'Jacob ':

False, 'Jessica ': False}, [[ 'Bella ', 'Edward '], [ 'Charlie ', 'Jacob '],

[ 'Alice ', 'Renee ']]), ({ 'Bella ': False, 'Jacob ': False, 'Alice ': True,

'Charlie ': False}, [[ 'Bella ', 'Edward ', 'Charlie '], [ 'Angela ', 'Jessica ']]),

({ 'Emmett ': True, 'Renee ': False, 'Jessica ': True}, []), ({ 'Bella ': True,

'Charlie ': False}, [[ 'Bella ', 'Edward ', 'Charlie ', 'Jessica ', 'Angela '],

[ 'Jacob ',

'Renee ']])])

If the file isn’t somehow formatted correctly – for example, if one of the numbers isn’t a number when you convert it to an integer – then print the error message

Error found in file, aborting.

Then, exit (using s ys.exit()).

Important : for this section, and all sections that follow, you should print to the screen (rather than, e.g., writing your results to a file).  Also, it is critical that you produce the exact error message we specify to get the mark.

Section 4: Pretty-print the data structure (4 marks)

Please fill in the function body of the function pretty_print_infiltration_data (data).  By “ pretty,” what we mean is in a more human-readable format than the Python default shown above.  Specifically, we’re

expecting something in the following exact format (the reason one line is in red is explained below):

Vampire Infiltration Data

4 days with the following participants: Alice, Angela, Bella, Carlisle,

Charlie, Edward, Emmett, Jacob, Jessica and Renee.

Day 1 has 4 vampire tests and 3 contact groups.

4 tests

Bella is human.

Edward is a vampire!

Jacob is human.

Jessica is human.

3 groups

Bella and Edward

Charlie and Jacob

Alice and Renee

Day 2 has 4 vampire tests and 2 contact groups.

4 tests

Alice is a vampire!

Bella is human.

Charlie is human.

Jacob is human.

2 groups

Bella, Charlie and Edward

Angela and Jessica

Day 3 has 3 vampire tests and 0 contact groups.

3 tests

Emmett is a vampire!

Jessica is a vampire!

Renee is human.

0 groups

Day 4 has 2 vampire tests and 2 contact groups.

2 tests

Bella is a vampire!

Charlie is human.

2 groups

Angela, Bella, Charlie, Edward and Jessica

Jacob and Renee

End of Days

There are a lot of parts here, so let’s take them one at a time.

As you can see, the printout begins with “Vampire Infiltration Data” and ends with “End of Days”.    The next line, in red, is actually a single line, but to avoid small fonts in this writeup, it appears to be broken over two lines.  (You shouldn’t try to change the printing colour in your solution; it’s just here for clarity on this issue.)  All of

the other lines for this dataset are short and thus do not have this issue.

There are many lists of participants, separated by commas and with a final “and”.  You have been provided with

module format_list.py which contains the function format_list(data). Use the function format_list(data) to format a list as a string in this way.

The second line (in red) in the printout gives the information that was in the preamble of the input file.  Afterwards,  we have a series of days, which begin with the day number, the number of vampire tests, and the number of contact groups.  Notice that when there is only 1 test or group, there is no “s” after “test” or “group.”  In general, we make     sure to get all of the plurals correct, in the printout.  Hint: you should too.

Within a day, we start by repeating the number of tests.  The line is indented to the right by two spaces.  Then we     give the results of each test, with the participants grouped in alphabetical order.  Participant results are indented by four spaces.  Then we repeat the number of groups (two space indent), and then a list of each of the groups (four

space indent).

Hints : There are a number of other things to be careful of, like periods at the end of sentences (but not at the end of lists), and so forth.  It’ ll take some careful work to make sure you have the format exactly right.

Other than within a list of test results, participants should appear in the same order as the test file.  (The test results were stored in a dictionary, which does not guarantee that order will be preserved.   Rather than require that you somehow restore the original order, we simply require that you alphabetize the participants.  Reminder: if you have a list mylst, then mylst.sort() will sort it; there are other ways to sort it too.)

Important : check the format of the output expected for the files given to you; unless we specify otherwise we expect you to follow this format exactly. The output expected for each data file can be found in the corresponding file name with the word “out” in the name. For example : the output for DataSet1.txt is given in DataSet1-out.txt.

Section 5: Write lookup helper function (1 mark for correctness)

To analyse the infiltration carefully, we are going to need a notion of time.  Recall that days are divided into two

periods : AM, when testing occurs; and PM, when contact occurs.  We also have a special “initial” period, before the     scenario begins.  This can be a bit unwieldy, so it’s better to have a more uniform treatment.  Therefore, we represent units of time with integer values as follows:

a.    When time = 0, we are in the initial period, also known as day 0.

b.    When time = 1, we are just after the AM tests on day 1.

c.    When time = 2, we are just after the PM contacts on day 1.

d.    When time = 3, we are just after the AM tests on day 2.

e.    When time = 4, we are just after the PM contacts on day 2.

f.     And so forth …

Accordingly, given d days, we will have 1 + 2d time units.

We’ve provided some useful functions to navigate this in the format_list.py file :

1.    time_of_day(d,b) to convert a day (integer) and AM/PM time (Boolean, with True for AM and False for

PM) into one of these time codes (AM/PM doesn’t matter for day 0).

2.    day_of_time (t) to convert a time unit into a day.

3.    period_of_time (t) to convert a time unit into an AM/PM (will return AM for day 0) 4.    is_initial(t) to check whether tis the initial period (i.e., 0)

5.    str_time (t) to convert a time period to a string for printing, e.g. “3 (AM)” (i.e., day 3 in the morning). When t = 0 this returns just “0” (since day 0 does not have an AM or PM).

Your task is to write the helpful to have a lookup function contacts_by_time (participant, time,

contacts_daily).  The first parameter is the name of a participant, e.g. “Bella”.  The second parameter is a  time unit, e.g. 4 (which represents day 2 PM).  The third parameter is a list of the contact groups on each day.  Notice that the third parameter is indexed by day, with day 1 in index spot 0; accordingly, part of your task is to convert the   time unit parameter to the day, and then adjust to the list index.  The other part of your task is to search within the    contact groups for that day to find the correct list for the given participant.  If the participant didn’t meet with

anyone on that day, then their contact list is empty.  As a special case, contacts for day 0 should also be considered the empty list for every participant.  Once you have the correct list, return it.

To help you test your function, there is some code in main () that examines the initial participant on an early day, in

both the AM and PM (which should return the same list).  In the specific dataset we’ve used so far, main () will print Bella 's contacts for time unit 3 (day 2) are Bella, Charlie and Edward.

Bella 's contacts for time unit 4 (day 2) are Bella, Charlie and Edward.